Những nâng cấp trên cơ thể của Kawasaki Ninja 250R 2013 gồm có hệ thống khung gầm hoàn toàn mới thân xe nhiều góc cạnh hơn, các khe hút gió rộng hơn. Nắp bảo vệ quạt được thiết kế lại. Phần đầu xe “dữ tợn” với cụm đèn pha kép mới thay cho cụm đèn pha đơn hình W trước đây, cùng với đó là kính chắn gió thừa hưởng nguyên bản từ ZX-10R. Bộ vành xe mới với bánh sau kích thước 140 mm, so với 130 mm của bánh xe trên bản 2012.
Bên cạnh đó là hệ thống treo trước, sau được thiết kế lại cũng như là hệ thống phanh mới. Đặc biệt, Ninja 250R 2013 có thêm tùy chọn hệ thống chống bó cứng phanh ABS và một số tùy chọn màu sắc mới.
Ngoài những cải tiến bên ngoài, động cơ của Ninja 250R 2013 cũng được Kawasaki nâng cấp và trang bị thêm hệ thống phun xăng điện tử giúp tiết kiệm nhiên liệu. Đáng tiếc, thống số kỷ thuật và giá bán của Ninja 250R 2013 vẫn chưa được công bố.