Honda PCX 2016 được giới thiệu với 2 phiên bản tiêu chuẩn và cao cấp. Hệ thống khóa thông minh Honda Smartkey chỉ được trang bị tên phiên bản cao cấp. Trước đó, hệ thống khóa với khả năng chống trộm cao này đã được ứng dụng trên dòng xe SH 125i và 150i, tuy nhiên do gặp trục trặc nên đã buộc phải thu hồi hơn 12.000 xe.
Ngoài khóa chống trộm, PCX 2016 còn được nâng cấp với 2 màu sơn mới là xanh lam cho bản tiêu chuẩn và xanh lục cho bản cao cấp. Bên cạnh đó, Honda Việt Nam còn cung cấp 17 loại phụ kiện để khách hàng có thể tùy chỉnh PCX 2016 theo phong cách của những chiếc xe phân khối lớn.
PCX 2016 vẫn sử dụng động cơ ESP 125 cc, phun xăng điện tử công suất 11,53 mã lực tại 8.500 vòng/phút, mô men xoắn 11,7 Nm tại 5.000 vòng/phút.
Honda PCX 2016 có giá 51,9 triệu đồng đối với phiên bản tiêu chuẩn gồm các màu đen; đỏ; xanh lam, bản cao cấp với các màu bạc mờ; đen mờ và xanh lục có giá 55,49 triệu đồng.